人体中存在着多种多样的菌群，它们在数量和比例上都保持一定的平衡，人体都会健康。正常人肠道中的菌群主要为厌氧菌，少数为需氧菌。正常菌群为类杆菌、乳杆菌、大肠杆菌和肠球菌等，尚有少数过路菌，如金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、副大肠杆菌、产气杆菌、变形杆菌、产气荚膜杆菌、白色念珠菌等。两组菌群保持一定的数量和比例，互相制约，维持平衡。当人体抵抗力降低或长期大量使用广谱抗生素及激素时，可使正常菌群被抑制，耐药的过路菌过量繁殖而导致肠道菌群失调。肠道菌群失调主要表现为发热、腹泻、肠鸣等，粪便可呈稀水样、粘液样或脓血样。
    奥利奇善壳寡糖调节基因表达，激活胃肠道内膜细胞，促使有益菌与有害菌微生态平衡，有效应用于肠炎、腹泻、便秘、消化不良等疾病。
    增加肠内有益菌群
    奥利奇善壳寡糖进入肠道后可以作为乳酸杆菌和双歧杆菌养份的来源，可促进乳酸杆菌和双歧杆菌的繁殖。双歧杆菌是人和动物肠道中主要的优势生理菌群，具有维持肠道菌群平衡、刺激机体免疫功能等功效。结果表明：奥利奇善壳寡糖可以使机体的消化系统处于理想的生理平衡状态。
    另一方面，奥利奇善壳寡糖进入某些有害菌（如梭状芽孢杆菌、大肠杆菌、大肠球菌）体内，能阻断RNA的合成，降低细胞活性，达到抑制这些有害细菌生长的目的。实验研究表明，奥利奇善壳寡糖可以抑制大肠杆菌和肠球菌、金黄色葡萄球菌等有害菌的生长。这些有害菌被抑制，就为有益菌的生长提供了营养物质与生存空间。
    辅助治疗胃病
    消化性胃及十二指肠溃疡是一种常见疾病、多发病，发病机制复杂，但主要原因是人体胃酸分泌过高，以及胃酸、胃蛋白酶对胃黏膜破坏所致。奥利奇善壳寡糖分子中的氨基可大量结合酸性物质，中和胃中过多的胃酸，调节酸碱平衡。可在胃酸中形成复合物，可减轻胃损伤面受到的刺激、腐蚀，促进损伤面的修复，有利于胃溃疡愈合。实际上奥利奇善壳寡糖是一种理想的抗酸剂。此外，奥利奇善壳寡糖对幽门螺旋杆菌有普遍的抑制作用，其机制可能为奥利奇善壳寡糖的阳离子基团与细菌表面的阴离子交联，从而改变细菌膜的渗透性而达到抑制细菌生长作用，在胃的酸性条件下作用更强，可有效的防治胃炎、胃及十二指肠溃疡。
    调节肠胃功能
    奥利奇善壳寡糖进入肠道后，可以增殖肠道内的双歧杆菌等有益菌群，使双歧杆菌在肠内占绝对优势，同时抑制有害菌群的生长繁殖。奥利奇善壳寡糖作为阳离子物质可促进肠道的蠕动，清除大肠内的宿便和毒素，从而使胃肠功能得到有效的调节。奥利奇善壳寡糖还能增加小肠、回肠、十二指肠和空肠的绒毛长度和小肠的黏膜厚度，改善肠道内环境，促进肠绒毛的生长发育，从而增加了肠道对营养物质的吸收功能。还可使回肠绒毛长度和回肠肠壁厚度显著增加，十二指肠隐窝深度显著降低。绒毛高度与细胞数量呈显著相关，研究表明，只有成熟的绒毛细胞才具有养分吸收功能。因此绒毛高时，成熟细胞多，养分吸收能力强。隐窝的深度反映了细胞的生成率，隐窝变浅，表明细胞的成熟率上升，分泌能力增强。肠壁厚度增大可增强回肠的蠕动能力，使食物与绒毛接触更充分，利于营养物质的吸收。